MASJID NEGARA diletakkan di bawah seliaan Bahagian Keluarga, Sosial dan Pengurusan Masjid (KESUMA), Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM). Pentadbiran MASJID NEGARA diketuai oleh Imam Besar MASJID NEGARA dan dibahagikan kepada bahagian iaitu :

1. Bahagian Pengurusan
2. Bahagian Pengimarahan

Kedua-dua bahagian ini dipecahkan kepada unit-unit kecil yang lain pula. Bahagian Pengurusan dipecahkan kepada dua unit iaitu :

1. Unit Perhubungan Awam, Multimedia dan Pusat Sumber
2. Unit Pengurusan dan Sumber Manusia - dikenali juga sebagai Unit Pentadbiran dan Kewangan

Manakala bahagian Pengimarahan dipecahkan kepada tiga unit iaitu :

1. Unit Dakwah dan Ibadah
2. Unit Perkhidmatan Sosial
3. Unit Pendidikan

Berikut diperincikan fungsi setiap unit tersebut : -

UNIT PENGURUSAN DAN SUMBER MANUSIA

(dikenali juga sebagai Unit Pentadbiran dan Kewangan)

Bertanggungjawab dalam menyediakan segala perkhidmatan kepada masyarakat dengan mesra, cekap dan berkesan disamping memantau serta menjaga keperluan semasa Masjid Negara.

Aktiviti-aktiviti Unit :–

Pentadbiran

• Mengendalikan urusan surat-menyurat dan Sistem Pengurusan Fail dan Rekod.
• Menguruskan kenderaan jabatan dan pemandu.
• Menyelaras program tahunan serta laporan aktiviti Unit Pentadbiran dan Unit Pengimarahan Masjid Negara.
• Mengatur mesyuarat/perjumpaan pengurusan dan penyelenggaraan Masjid Negara.
• Mengawal selia kunci Masjid Negara.
• Mengurus jamuan berbuka puasa dan modal sepanjang bulan Ramadhan.
• Mengatur tempahan jamuan bagi lawatan/mesyuarat/aktiviti Masjid Negara.
• Mengurus dan menyelaras tempahan/sewaan kemudahan Masjid Negara.
• Mengurus dan memantau Syarikat Penyelenggaraan Masjid Negara.
• Menguruskan cucian jubah pelawat, jubah Imam dan Bilal, kain pelekat, sejadah, alas meja dan langsir serta cadar (Kuarters).
• Mengurus dan menyelenggara aset, premis, inventori dan harta modal Masjid Negara.
• Menyelia dan mengawal bekalan peralatan pejabat.
• Mengurus Pembelian Inventori Masjid Negara.
• Mengurus Tugas Perolehan Keperluan Pejabat.
• Mengurus cuti pegawai dan kakitangan Masjid Negara berdasarkan Perintah Am Bab C.
• Menyelaras penyertaan pegawai dan kakitangan untuk menjalani kursus/latihan/bengkel.
• Menyelaras permohonan pegawai dan kakitangan untuk menduduki peperiksaan perkhidmatan/jabatan.
• Memantau serta menyediakan laporan Kad Perakam Waktu pegawai dan kakitangan Masjid Negara.

Kewangan

• Merekod dan mengawal selia perbelanjaan di dalam Buku Vot Masjid Negara.
• Menyemak Tuntutan Elaun Lebih Masa dan Tuntutan Elaun Perjalanan pegawai dan kakitangan Masjid Negara.
• Menyediakan baucer Tuntutan Elaun Perjalanan dan Tuntutan Elaun Lebih Masa pegawai dan kakitangan Masjid Negara.
• Membantu menyelia bayaran saguhati penceramah Masjid Negara.
• Mengurus terimaan/hasil kerajaan.
• Menguruskan pembukaan dan pengiraan duit tabung Masjid Negara.
• Menyelaras laporan kewangan Masjid Negara untuk dihantar ke JAKIM.
• Memohon peruntukan tambahan.
• Memohon pindah peruntukan.
• Mengawal dan memantau Peruntukan Mengurus.
• Memberi khidmat nasihat kepada unit-unit di Masjid Negara berkaitan perbelanjaan yang dikeluarkan.
• Mengurusetiakan Jawatankuasa Pengurusan Kewangan dan Akaun Masjid Negara.
• Mengurusetiakan Jawatankuasa Pengurusan Aset Kerajaan Masjid Negara.
• Menyelaras dan melaksanakan e-Perolehan.
• Melaksanakan prosedur dan peraturan kewangan di Masjid Negara.